2003年札幌市長再選挙では日本共産党は公認候補青山慶二を擁立したが、告示後5日目に選挙運動を中止した（公選法で立候補取消不可能）。党道委員会は地元紙のインタビューでは政策の近い中尾則幸支持をほのめかしたが、民主党・横路孝弘側近の上田文雄に票が集まり、安倍晋三シンパの元ニュースキャスターで前清和研代議士石崎岳を逆転し当選。2007年は共産党が上田市政を一定評価し候補者を立てず、上田は再選した。
第44回総選挙では47年ぶりに全選挙区擁立（推薦を含む）を中止したため、25選挙区の「共産空白区」が出てきた。「共産空白区」では与党候補と野党候補が大差の付く選挙区が多く、選挙への影響は小さかった。共産党の小選挙区候補者全275名のうち、223名が10%の得票に届かず供託金を没収された。全300選挙区に候補者を立て235選挙区で没収された前回とさほど変わらない結果だった。共産党自身については、得票数の減少に歯止めがかかった。投票率が上がったため得票率は下がっている。
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2006年の国政選挙では、4月と10月に計三選挙区で行われた衆議院議員補欠選挙で、いずれも独自の公認候補を擁立したが、すべての選挙区で落選、供託金も没収されている。また、2007年4月に行われた参議院議員補欠選挙では、福島県選挙区で公認候補を、沖縄県選挙区では、民主党や社民党などと共同推薦候補を擁立したが、いずれも落選、福島県では供託金を没収されている。
2007年の参院選東京都選挙区で公認候補が落選したことで、東京都でそれまで51年間に渡って維持してきた参議院での共産党の議席を完全に失った。